Η Eurolegue ανακοίνωσε το πρόγραμμα της κανονικής περιόδου της διοργάνωσης για τη σεζόν 2016-17. Ο Παναθηναϊκός ξεκινά τις υποχρεώσεις του την Παρασκευή 14 Οκτωβρίου υποδεχόμενος τη Ζαλγκίρις Κάουνας και τις ολοκληρώνει την Πέμπτη 6 Απριλίου αντιμετωπίζοντας τη Μακάμπι εκτός έδρας.
Αναλυτικά το πρόγραμμα του Παναθηναϊκού:
Παρασκευή 14 Οκτωβρίου Παναθηναϊκός - Ζάλγκιρις
Παρασκευή 21 Οκτωβρίου ΤΣΣΚΑ Μόσχας - Παναθηναϊκός
Τετάρτη 26 Οκτωβρίου Μπάμπεργκ - Παναθηναϊκός
Παρασκευή 28 Οκτωβρίου Παναθηναϊκός - Ερυθρός Αστέρας
Παρασκευή 4 Νοεμβρίου Αναντολού Εφές - Παναθηναϊκός
Πέμπτη 10 Νοεμβρίου Παναθηναϊκός - Μακάμπι
Τετάρτη 16 Νοεμβρίου Ρεάλ Μαδρίτης - Παναθηναϊκός
Παρασκευή 18 Νοεμβρίου Παναθηναϊκός - Ολυμπιακός
Παρασκευή 25 Νοεμβρίου Παναθηναϊκός - Νταρουσάφακα
Παρασκευή 2 Δεκεμβρίου Μπαρτσελόνα - Παναθηναϊκός
Πέμπτη 8 Δεκεμβρίου Παναθηναϊκός - Γαλατάσαραϊ
Παρασκευή 16 Δεκεμβρίου Παναθηναϊκός - Φενέρμπαχτσε
Τετάρτη 21 Δεκεμβρίου Αρμάνι Μιλάνο - Παναθηναϊκός
Παρασκευή 23 Δεκεμβρίου Λαμποράλ Κούτσα - Παναθηναϊκός
Παρασκευή 30 Δεκεμβρίου Ούνικς Καζάν - Παναθηναϊκός
Παρασκευή 6 Ιανουαρίου Ολυμπιακός - Παναθηναϊκός
Παρασκευή 13 Ιανουαρίου Παναθηναϊκός - Αναντολού Εφές
Πέμπτη 19 Ιανουαρίου Φενέρμπαχτσε - Παναθηναϊκός
Τρίτη 24 Ιανουαρίου Παναθηναϊκός - Μπαρτσελόνα
Πέμπτη 26 Ιανουαρίου Ερυθρός Αστέρας - Παναθηναϊκός
Παρασκευή 3 Φεβρουαρίου Γαλατάσαραϊ - Παναθηναϊκός
Πέμπτη 9 Φεβρουαρίου Παναθηναϊκός - Μπάμπεργκ
Παρασκευή 24 Φεβρουαρίου Παναθηναϊκός - Ούνικς Καζάν
Παρασκευή 3 Μαρτίου Νταρουσάφακα - Παναθηναϊκός
Πέμπτη 9 Μαρτίου Ζάλγκιρις - Παναθηναϊκός
Πέμπτη 16 Μαρτίου Παναθηναϊκός - Ρεάλ Μαδρίτης
Τρίτη 21 Μαρτίου Παναθηναϊκός - Αρμάνι Μιλάνο
Πέμπτη 23 Μαρτίου Λαμποράλ Κούτσα - Παναθηναϊκός
Παρασκευή 31 Μαρτίου Παναθηναϊκός - ΤΣΣΚΑ Μόσχας
Πέμπτη 6 Απριλίου Μακάμπι - Παναθηναϊκός